Protein-DNA-Interaktionen

Die Regulation von Chromatinstrukturen im Zusammenspiel mit einer regulierten Genexpression ist eine wichtige Voraussetzung für die Gewebeentwicklung und das Zellwachstum.

Transkriptionale Ereignisse werden räumlich und zeitlich exakt durch spezifische Protein-DNA-Interaktionen gesteuert.
Die Identifizierung der verantwortlichen Proteinbindungsstellen im Chromatin wird mit Hilfe von Chromatinimmunopräzipitation (ChIP) durchgeführt .

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Abb.: Das neue HaloCHIP™ System ist eine robuste und effiziente Alternative zu den Standardmethoden zur Chromatinimmunopräzipitation. Es zeichnet sich dadurch aus, dass die Präzipitation von Protein-DNA Komplexen durch eine kovalente Bindung erfolgt und somit ganz ohne Antikörper auskommt. Die zu untersuchenden DNA-bindenden Proteine werden als HaloTag® Fusionsproteine in Zellen exprimiert. Nach Crosslinking mit der DNA werden die Komplexe mit HaloLink™ Resin präzipitiert, das eine spezifische und kovalente Bindung mit HaloTag® eingeht. Die kovalente Bindung an HaloLink™ Resin ermöglicht ein intensives und stringentes Waschen, so dass unspezifisch bindende DNA und Proteine im Vergleich zur Co-Immunopräzipitationen wesentlich besser entfernt werden. Das Crosslinking wird rückgängig gemacht und die aufgereinigten DNA Fragmente per PCR oder Microarray analysiert.

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